Johannes Wagner ist 1991 in Nürnberg geboren und wuchs in Forchheim und Bamberg auf. Nach dem Abitur ging er ein Jahr nach Ecuador und absolvierte dort einen Freiwilligendienst mit der Deutschen Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit. In Erlangen studierte Wagner zunächt Humanmedizien und wechselt anschließend nach Würzburg aufgrund der Fächerspezialisierung in globaler Gesundheit und Tropenmedizin. 
Am Regiomed-Verbundskrankenhaus arbeitet er als Arzt in der Kinderklinik.

Von 2010 bis 1018 war er UN-Jugenddelegierter für nachhaltige Entwicklung und engagierte sich im Vorstand der Grünen in Coburg. 2021 zog er über die bayerische Landesliste in den Bundestag ein und ist seitdem gesundheitlicher Sprecher der Grünen. Seine Schwerpunkte liegen auf Gesundheit, Prävention, globale Gerechtigkeit sowie dem Zusammenhang von Klima und Gesundheit. 2022 gründete er den Parlamentenkreis One Health. Bei der Bundestagswahl wurde er erneut über die Landesliste in den Bundestag gewählt.